החווה נבנתה על שטח שנחכר בשנת 1889 ע"י הכומר הלותרני גרמני, יוהאן לודוויג שנלר ( 1820 – 1896), שייסד גם את בית היתומים שנלר בירושלים. היו אלה 10,000 דונם בין רמלה לנס ציונה בבעלות השלטונות הטורקים.
בשנת 1895 נקדחה במקום שבו התגוררו באותו הזמן 8 נפשות, באר שופעת ולה קרא שנלר "באר השלום והישע". בעברית נקרא המקום "באר השלום" ובערבית" ביר סלאם". שנתיים לאחר מכן, בשנת 1897, הקים במקום תומאס שפון את בית הספר החקלאי, חוות שפון.
בשנת 1906, נמכרו חלק מאדמות החווה ליהודים ועליהן נוסדה המושבה באר יעקב.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה, התמקמו בחווה כוחות צבא טורקיים ובשנת 1917 נכבש המקום על ידי יחידות הצבא הבריטי בפיקודו של הגנרל אלנבי שגם קבע בחווה את מפקדתו. אלנבי עצמו בחר להשתכן באחד הבתים בשטח החווה ומשם תכנן את מערכי הלחימה עד להכנעת האימפריה העות'מאנית. לקראת תום המלחמה, בשנת 1918 הוא גם אירח במקום את חיים ויצמן.
לאחר שהסתיימה המלחמה, התושבים הגרמנים חזרו להתיישב בשטח החווה ובמאי 1939 אף נטען בעיתון הבוקר כי במקום פעלה תעמולה נאצית. מאוחר יותר, ולאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה גורשו הגרמנים ובחווה הוצב בית ספר לקצינים טכניים של הצבא הבריטי.
ב-15 באפריל 1948, וכחלק מפינוי הארץ ע"י הבריטים במסגרת תכנית החלוקה של האו"ם, פונה גם בית הספר הטכני מהחווה ואת מקומו תפס בזריזות כוח של חטיבת גבעתי שיצא מבאר יעקוב. כוח ערבי שיצא מרמלה והתקיף את המקום, נהדף בהצלחה על ידי הלוחמים היהודים.
ביולי 1948, עלה על אותה הקרקע הקיבוץ נצר סרני ומבני החווה שימשו כמוסד החינוכי עבור ילדי הקיבוץ במשך שנים רבות. חלק מהאדמות נמסרו למושבה באר יעקוב.
"חוות שפון" כיום
במרוצת השנים ננטשו או נהרסו חלק ממבני החווה. אחד מהם עדיין עומד נטוש עד שיימצא לו משקיע שיזהה את הפוטנציאל ההיסטורי, תרבותי ואדריכלי של הנכס. מבנה נוסף, מושכר ל"גלריה רומי" ומעניק שירותי גלריה וסטודיו למיטב אומני ישראל, בהם: יעקוב אגם, מרסל מולי, יצחק טרקאי, פיטר מקס ורבים נוספים.
הבית שבו התגורר הגנרל אלנבי משמש אולם כנסים ואירועים בשם "חוות אלנבי".
